מורים אשר יתחייבו בפני מנהל בית הספר על ביצוע כל התוכנית, יקבלו מקדמה בגובה 50% מסך השכר שאמור להשתלם להם עבור החזר שעות הלימוד. את יתרת התשלום בגובה 50% יקבלו המורים המבצעים את התוכנית בהמשך שנת הלימודים עד למשכורת יולי 2008 (כולל), וזאת בהתאם לשעות הלימוד שיחזירו בכל חודש.
יש לציין כי מורה אשר לא יעמוד במלוא התחייבותו להחזר השעות והימים שהוחסרו בשל השביתה, ינוכה משכרו החלק היחסי של המקדמה שקיבל בגין שעות שלא ביצע בפועל.
בהתאם לתוכנית החזר ימי השביתה, יוחזרו שעות הלימוד בשתי דרכים: 27 ימים יוחזרו על חשבון ימי חופשה שתוכננו לשנת הלימודים תשס"ח, כולל ימים שנקבעו כחופשת הקיץ, כך שסיום שנת הלימודים יידחה. מורים המלמדים בכיתות י"ב, אשר תלמידיהם לא יוכלו לשהות בביה"ס בימים אלו עקב בחינות הבגרות, ישלימו את הימים החסרים במהלך שנת הלימודים. 22 ימים נוספים המהווים את יתרת שעות הלימוד שהוחסרו, יוחזרו במהלך שנת הלימודים באמצעות הארכת יום הלימודים והארכת שבוע הלימודים ביום נוסף בבתי ספר הלומדים חמישה ימים בשבוע.
ההסדר להחזרת שעות הלימוד שהוחסרו בימי השביתה הופץ למורים בחוזר מנכ"לית משרד החינוך, שלומית עמיחי, בהתאם לאמור בסעיף 4 במסמך ההבנות שנחתם בין שרי האוצר והחינוך לבין יו"ר ארגון המורים: "משרד החינוך בתיאום עם משרד האוצר יחד עם ארגון המורים יגבשו תוכנית להחזר ימים ושעות עבודה שנגרעו בשל השביתה. עם גיבוש התכנית תשולם למורים מקדמה בשיעור של מחצית מעלות השכר בגין התכנית. יתר הסכום ישולם למורים בהתאם לביצוע העבודה במשך חודש בחודשו. מורה שלא יעמוד בתכנית כאמור, תנוכה לו המקדמה משכרו השוטף".